Большое количество всякий программ Windows может запускать автоматически без всякого там каталога автозапуска. Для этого есть в реестре раздел. Вот он:

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

Здесь куча программ, которые запускаются. Ну, например internal.exe это переключатель клавиатуры. PwsTray это Personal Web Server. Ну и так далее. О чем это говорит? А вот о чем. Мы в любое время может спокойно занести сюда новую строку и наша программа будет спокойно запускаться без всякого там автозапуска и так далее. И пользователи не смогут ее удалить, что очень хорошо. А вот если Вы пользователь и читаете этот шаг тогда наоборот сможете обмануть хитрого администратора. Я удалили PWSTray. Из реестра. Пока он смело маячит на глазах.

Перегрузка.

Нет его. Думаю ясно. Теперь Вы знаете куда идти, если вдруг в автозапуске нет, а Windows упрямо что-то запускает.