К сожалению, вид справочника не дает полной информации о том, на какой счет проводится операция. Например, материалы могут выступать как субконто для разных счетов. Можно в таблицу добавить поле счет.

И при заполнении таблицы указывать счет, на который необходимо проведение.

Кстати такая технология применена во многих документах типовой конфигурации со сложной корреспонденцией счетов. Для примера посмотрите "Шаг 9 - Покупка ОС на наличные", "N/A". Теперь при проведении можно направлять элементы на разные счета.

// ********************
//
Процедура ОбработкаПроведения()
	ВыбратьСтроки();
	Пока ПолучитьСтроку() = 1 Цикл    
		Сообщить(Счет);
	КонецЦикла; 
КонецПроцедуры

Вот результат.