Нас осталось только связать вместе шаги:
Нужно завести какой-то флажок, который будет проверяться и, если он установлен, то произойдет выход из системы. Может реализовать константу НеобходимостьВыхода как числовое значение.
Теперь в глобальном модуле по таймеру проверять эту константу и, если она установлена, то завершить работу системы.
Процедура Проверка()
Если Константа.НеобходимостьВыхода=1 Тогда
ЗавершитьРаботуСистемы();
Конецесли;
КонецПроцедуры
ОбработкаОжидания("Проверка",10);
Вот и все. Стоит Вам установить эту константу как через установленное время у всех пользователей произойдет завершение работы и Вы сможете сохранить исправленную конфигурацию. Еще не плохо предупредить пользователей через процедуру Сообщить.