Журнал документов удобная вещь. Документы в соответствии с типами операций помещаются в него. Например, Журнал продаж или книга продаж. Мы можем поместить в него все счета фактуры. Но они могут быть разных типов. Например, Вы могли сделать счет фактуры на материалы, гсм, услуги. Даже если сделать одну счет фактуру, то все равно есть проблемы. Например, получение товаров под зарплату. Это совсем другой вид проводок. Думаю суть проблемы ясна. Но во всех этих документах есть общая часть. Как минимум сумма в итоге и покупатель. Можно сделать графы в журнале.

Потом указать чему будет этот реквизит соответствовать.

Я сделал в документе так, чтобы реквизиты имели одинаковое имя. Это не только красиво и понятно, но и правильно. Это Вы поймете из следующего шага. Журнал позволяет делать отображение разных реквизитов разных документов при настройке реквизита журнала. Но лучше все делать с одинаковым именем.