Оказывается у формы есть функция, которая указывает, какой слой использовать.

ИспользоватьСлой

Установить режим отображения слоя в форме.

Синтаксис:

ИспользоватьСлой(<ИмяСлоя>, <Режим>)

Англоязычный синоним:

UseLayer

Параметры:
<ИмяСлоя> Строковое выражение — название слоя формы как оно задано в конфигураторе. Параметр может быть составным (указывать несколько слоев). В этом случае имена слоев перечисляются через запятую.
<Режим> Необязательный параметр. Числовое выражение:0 — скрыть слой <ИмяСлоя> в форме;1 — показать слой <ИмяСлоя> в форме;2 — показать слой <ИмяСлоя> и скрыть все остальные.Значение по умолчанию — 2.

Вот и укажем при загрузке какой слой использовать.

Процедура ПриОткрытии()
	Форма.ИспользоватьЗакладки(1);   
	Форма.Закладки.ДобавитьЗначение(1, "Основной");
	Форма.Закладки.ДобавитьЗначение(2, "Слой1"); 
	Форма.ИспользоватьСлой("Основной");
КонецПроцедуры

Запускаем.

Все нормально первый слой виден всегда. А как же второй? Читаем дальше.