Вполне прилично - вот вывод. Для того, чтобы избежать удаления наших данных нужно пользоваться объединением конфигураций, подробнее - "Шаг 369 - А что, если в новой конфигурации этого элемента нет". Изменения кода документируются, подробнее - "Шаг 371 - Объединение конфигураций – код". Изменения на формах тоже фиксируются, подробнее - "Шаг 372 - Объединение конфигураций, как поведут себя элементы на форме". Все нормально и вполне прилично. Данным способом легко проводить обновления типовой конфигурации, эти обновления периодически появляются на диске сопровождения. Делать практически ничего не нужно. Просто объединяете и все. Если же вы делали свою конфигурацию и использовали элементы типовой, подробнее - "Шаг 285 - Изучаем справочник основные средства", то тут сложнее. Ваши документы могут называться точно так же как и стандартные. А обновить нужно только те, которые переносили. Но выход есть, просто при объединении конфигураций нужно указать те элементы, которые вы внедрили в свою конфигурацию.

А все остальное просто не изменять.